Первым инновационным проектом музея в 2002 году явилось создание комплексной музейно-автобусной экскурсии «Соборное кольцо», объединившей четыре собора, каждый из которых связан со значительным периодом истории Санкт-Петербурга. Маршрут ее определяется расположением соборов и проходит по красивейшим набережным, площадям, мостам, откуда можно полюбоваться великолепными панорамами, архитектурными ансамблями и, конечно, доминантами города – куполами и главками церквей, шпилями колоколен. Ведь облик северной столицы в значительной степени сформировала церковная архитектура. Рассказ экскурсовода в автобусе посвящен храмам Петербурга, но ближе всего экскурсанты знакомятся с четырьмя соборами, входящими в состав музея: Исаакиевским, Сампсониевским, Смольным и Спасом на крови.

Исаакиевский собор был первым из музеев, который «вышел в город и посадил» туристов не только в автобус, но и на теплоход. В 2005 году была разработана музейно-теплоходная экскурсия «Соборное кольцо», в ходе которой можно познакомиться с храмом Воскресения Христова (Спас на крови), совершить теплоходную экскурсию по Мойке, Фонтанке, Кронверкской протоке и Неве, а в завершение посетить Исаакиевский собор.

Музей продолжает поиск новых форм экскурсионного обслуживания посетителей, и создает тематические экскурсии, среди них: теплоходная экскурсия «Дворцы петербургской знати», теплоходная экскурсия «Литературный и музыкальный Петербург», пешеходная экскурсия ««Не весь умру». Архитектор Огюст Монферран».

Экскурсионные программы музея